دادگاه لاهه رادوان کاراجیچ را در اولین اتهام نسل‌کشی در ارتباط با شهرداری‌های بوسنی تبرئه کرد اما دومین اتهام نسل‌کشی را مبنی بر دست داشتن کارجیچ در کشتار مسلمانان در سربرنیستا که طی آن ۸۰۰۰ نفر قتل‌عام شدند وارد دانست و وی را در جنایت نسل‌کشی مجرم شناخت.

طبق اعلام دادستان کاراجیچ از عوامل اصلی قتل‌عام مسلمانان بوسنی در دهه نود بوده و با کمک راتکو ملادیچ، ژنرال سابق ارتش صربهای بوسنی مسلمانان را قتل عام کرده است. کشتار مردم سربرنیتسا توسط صرب‌ها در سال ۱۹۹۵ منجر به قتل‌عام حدود ۷۵۰۰ مسلمان شد.

جرم دیگر وی نقش داشتن در کشتار غیرصرب ها در محاصره شهر سارایوو در سالهای بین ۹۲ تا ۹۵ است که حدود ۱۲ هزار بوسنیایی در جریان آن به قتل رسیدند.